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       2006年3月27日農業部令第62號公布，2013年12月31日農業部令2013年第5號、2014年4月25日農業部令2014年第3號、2015年4月29日農業部令2015年第1號修訂。      
    第一章　總則
　　 第一條　為保護和合理利用食用菌種質資源，規范食用菌品種選育及食用菌菌種（以下簡稱菌種）的生產、經營、使用和管理，根據《中華人民共和國種子法》，制定本辦法。

　　第二條　在中華人民共和國境內從事食用菌品種選育和菌種生產、經營、使用、管理等活動，應當遵守本辦法。

　　第三條　本辦法所稱菌種是指食用菌菌絲體及其生長基質組成的繁殖材料。

　　菌種分為母種（一級種）、原種（二級種）和栽培種（三級種）三級。

　　第四條　農業部主管全國菌種工作。縣級以上地方人民政府農業（食用菌，下同）行政主管部門負責本行政區域內的菌種管理工作。

　　第五條　縣級以上地方人民政府農業行政主管部門應當加強食用菌種質資源保護和良種選育、生產、更新、推廣工作，鼓勵選育、生產、經營相結合。

　　第二章　種質資源保護和品種選育

　　第六條　國家保護食用菌種質資源，任何單位和個人不得侵占和破壞。

　　第七條　禁止采集國家重點保護的天然食用菌種質資源。確因科研等特殊情況需要采集的，應當依法申請辦理采集手續。

　　第八條　任何單位和個人向境外提供食用菌種質資源（包括長有菌絲體的栽培基質及用于菌種分離的子實體），應當報農業部批準。

　　第九條　從境外引進菌種，應當依法檢疫，并在引進后30日內，送適量菌種至中國農業微生物菌種保藏管理中心保存。

　　第十條　國家鼓勵和支持單位和個人從事食用菌品種選育和開發，鼓勵科研單位與企業相結合選育新品種，引導企業投資選育新品種。

　　選育的新品種可以依法申請植物新品種權，國家保護品種權人的合法權益。

　　第十一條　食用菌品種選育（引進）者可自愿向全國農業技術推廣服務中心申請品種認定。全國農業技術推廣服務中心成立食用菌品種認定委員會，承擔品種認定的技術鑒定工作。

　　第十二條　食用菌品種名稱應當規范。具體命名規則由農業部另行規定。

　　第三章　菌種生產和經營

　　第十三條　從事菌種生產經營的單位和個人，應當取得《食用菌菌種生產經營許可證》。

　　僅從事栽培種經營的單位和個人，可以不辦理《食用菌菌種生產經營許可證》，但經營者要具備菌種的相關知識，具有相應的菌種貯藏設備和場所，并報縣級人民政府農業行政主管部門備案。

　　第十四條　母種和原種《食用菌菌種生產經營許可證》，由所在地縣級人民政府農業行政主管部門審核，省級人民政府農業行政主管部門核發，報農業部備案。

　　栽培種《食用菌菌種生產經營許可證》由所在地縣級人民政府農業行政主管部門核發，報省級人民政府農業行政主管部門備案。

　　第十五條　申請母種和原種《食用菌菌種生產經營許可證》的單位和個人，應當具備下列條件：

　　（一）生產經營母種注冊資本100萬元以上，生產經營原種注冊資本50萬元以上；

　　（二）省級人民政府農業行政主管部門考核合格的檢驗人員1名以上、生產技術人員2名以上；

　　（三）有相應的滅菌、接種、培養、貯存等設備和場所，有相應的質量檢驗儀器和設施。生產母種還應當有做出菇試驗所需的設備和場所。

　　（四）生產場地環境衛生及其他條件符合農業部《食用菌菌種生產技術規程》要求。

　　第十六條　申請栽培種《食用菌菌種生產經營許可證》的單位和個人，應當具備下列條件：

　　（一）注冊資本10萬元以上；

　　（二）省級人民政府農業行政主管部門考核合格的檢驗人員1名以上、生產技術人員1名以上；

　　（三）有必要的滅菌、接種、培養、貯存等設備和場所，有必要的質量檢驗儀器和設施；

　　（四）栽培種生產場地的環境衛生及其他條件符合農業部《食用菌菌種生產技術規程》要求。

　　第十七條　申請《食用菌菌種生產經營許可證》，應當向縣級人民政府農業行政主管部門提交下列材料：

　　（一）食用菌菌種生產經營許可證申請表；

　　（二）營業執照復印件；

　　（三）菌種檢驗人員、生產技術人員資格證明；

　　（四）儀器設備和設施清單及產權證明，主要儀器設備的照片；

　　（五）菌種生產經營場所照片及產權證明；

　　（六）品種特性介紹；

　　（七）菌種生產經營質量保證制度。

　　申請母種生產經營許可證的品種為授權品種的，還應當提供品種權人（品種選育人）授權的書面證明。

　　第十八條　縣級人民政府農業行政主管部門受理母種和原種的生產經營許可申請后，可以組織專家進行實地考查， 但應當自受理申請之日起20日內簽署審核意見，并報省級人民政府農業行政主管部門審批。省級人民政府農業行政主管部門應當自收到審核意見之日起20日內完 成審批。符合條件的，發給生產經營許可證；不符合條件的，書面通知申請人并說明理由。

　　縣級人民政府農業行政主管部門受理栽培種生產經營許可申請后，可以組織專家進行實地考查，但應當自受理申請之日起20日內完成審批。符合條件的，發給生產經營許可證；不符合條件的，書面通知申請人并說明理由。

　　第十九條　菌種生產經營許可證有效期為3年。有效期滿后需繼續生產經營的，被許可人應當在有效期滿2個月前，持原證按原申請程序重新辦理許可證。

　　在菌種生產經營許可證有效期內，許可證注明項目變更的，被許可人應當向原審批機關辦理變更手續，并提供相應證明材料。