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食用菌菌種退化是由于菌絲體的遺傳物質發生了變異而造成的。表現為菌種突然或逐漸喪失原有的生活力、豐產性能或部分子實體的形態改變。菌絲體生長緩慢，在培養基上出現濃密的白色扇形菌落，對環境條件如溫度、酸堿度、二氧化碳量、氧氣、雜菌等的抵抗力弱，子實體形成期提前或推后，出菇潮次不明顯等現象。

引起菌種退化的原因，其中菌種不純，自體雜交造成基因突變是主要原因。另外培養條件如溫度過高，不同菌株的混合栽培，轉管多代次等都會引起菌種退化。

防止菌種退化的措施：1. 保證菌種的純培養。不用被雜菌污染的菌種，不要用同一食用菌種類的不同菌株混合或近距離相連接培養。2. 嚴格控制菌種傳代次數，減少機械損傷，保證菌種活力。3. 適當低溫保存菌種。低溫型菌種在攝氏4度如蘑菇、香菇等，高溫型在攝氏16度如草菇，有利于保存菌絲體的活力。4. 避免在單一培養基中多次傳代，沿著合理的代次、母種、原種、生產種不同類型的培養基，有利提高菌種活力和保持優良性狀。5. 菌種不宜過長時間使用，超齡菌種會出現老化，而老化與退化是有機相連的，生活力弱的菌種很容易出現退化。6. 菌種要定期進行復壯，在適溫、合適酸堿度、充足氧量、適當漫射光、無雜菌培養等。7. 每年進行孢子分離，以有性繁殖來發現優良菌株，以組織分離來鞏固優良菌株的遺傳特性。