中共十八屆五中全會把創新擺在五大發展理念（創新、協調、綠色、開放、共享）之首，并強調必須把創新擺在國家發展全局的核心地位，必須把發展基點放在創新上。
創新是一個民族進步的靈魂，也是經濟新常態下食用菌產業持續發展的不竭動力和生命線。縱觀我國食用菌產業近三十多年的發展歷程，由初期農民自發的“庭院經濟”和傳統栽培，到現在的設施化、智能化生產，創新在產業發展過程中的推動作用毋庸置疑。同時，受自然資源日漸匱乏、產業結構不盡合理、產業化水平和產品附加值偏低等因素的制約，當前我國食用菌產業正面臨著嚴峻挑戰，這也決定了未來我國食用菌產業需要從理論創新、制度創新、科技創新、文化創新等方面尋求更大突破，解決產業在整體布局、生產資源和生態環境等領域的發展瓶頸，持續提高食用菌產業綜合生產能力。
首先，我國食用菌產業要以各地氣候條件、生產材料狀況、勞動力資源等為基礎，以社會經濟發展水平和市場消費能力等為前提，制定科學規劃、合理布局、錯位發展、效益優先的創新發展理念。其次，要根據“自主創新、重點跨越、支撐發展、引領未來”的新時期國家科技發展指導方針，結合食用菌產業自身特點，加快形成引領產業發展新常態的制度體系和發展模式。第三，要著眼于食用菌產業長遠發展，超前部署基礎生產和前沿技術的研究課題，著力加強種質資源保護與利用、新品種選育、精準化栽培、專用設備、標準研制等食用菌關鍵技術的創新研發，推出一批先進適用技術和擁有自主知識產權的創新性科技成果，確保食用菌產品的市場競爭力。第四，食用菌產業要以產品質量安全為前提，立足于市場多樣化需求，加強產業文化的挖掘和普及推廣，創造新的市場需求。最后，要以產業發展趨勢為著眼點，加強食用菌管理平臺建設、人才隊伍建設和體制建設，建立既適應國家經濟新常態又符合食用菌自身特點的創新體系。
以創新塑造和引領食用菌產業發展，還需要在全行業形成尊重市場主體的發展氛圍。從事食用菌生產、加工、經銷的企業家和一線技術人員作為產業創新的主體，在發現創新、激勵創新、分散創新風險方面發揮著至關重要的作用，是推動產業不斷發展的核心力量，理應得到行業的理解和尊重。要通過體制機制的優化設計，使之在收益分配方面得以合理的體現，最大程度保護千萬市場主體尤其是企業家的創新精神和合法權益。
實踐證明，我國食用菌產業要實現可持續健康發展，唯創新再無他途。未來食用菌產業需要以現代科學技術為支撐，通過不斷創新來引領產業結構調整和增長方式的轉變，需要盡快實現從規模生產向加工增值，從數量增長向質量提升，從產業優勢向經濟優勢的轉變。只有這樣，才能不斷提升中國食用菌產業的整體發展水平。
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