優惠類政策
稅收優惠：1.對農民專業合作社銷售農業產品，視同農業生產者銷售自產農業產品，免征增值稅；2.一般納稅人從農民專業合作社購進的免稅農產品，可按13%的扣除率計算抵扣增值稅進項稅額；3.對農民專業合作社向本社成員銷售的農膜、種子、種苗、化肥、農藥、農機，免征增值稅。
用水用電優惠：1.規模化生豬、蔬菜等生產的用水、用電與農業同價； 2.電力部門對糧食烘干機械用電按農業生產用電價格從低執行的政策。
補貼類政策
國家給予農村合作社的補貼政策有：土地流轉補貼、貸款補貼、購農機補貼、種糧補貼、農資綜合補貼、生豬標準化規模養殖場(小區)建設、農業保險補貼、糧食最低收購價政策、退耕還林補貼、草原生態保護補助等。具體項目申報流程還要根據各省市的具體規定實施。
降低合作社等申報主體成立時間和單個項目治理面積等門檻，簡化項目申報程序；探索先建后補、以獎代補等多種扶持方式；對符合條件的新型農業經營主體，可按照誰申報、誰實施、誰管護的原則，將項目建設和管護權一并移交；擴大資金使用范圍，財政資金除用于水電路等基礎設施建設外，還可對育秧設施、糧食晾曬烘干設備、倉儲物流、農機具庫棚等配套設施進行適當補助；對用于高標準農田建設的貸款，中央財政予以貼息；拓寬融資渠道，除政策性銀行外，把商業銀行、農村信用社等金融機構貸款也納入貼息范圍。
涉農項目扶持類政策
專項扶持類方面：
另外，在專項扶持類方面，國家對農民專業合作社也有扶持。國家農發辦在《關于開展新型農業經營主體申報實施農業綜合開發高標準農田建設項目試點的意見》規定，積極支持新型農業經營主體申報實施高標準農田建設項目。單個項目申報實施面積，原則上農民合作社試點項目平原地區不低于500畝、丘陵山區不低于300畝，對農業綜合開發土地治理項目，每畝土地財政資金補助不超過1500元/畝。
產業化項目扶持方面：
在產業化項目的扶持方面，國家農發辦68號文件對項目內容進行了明確規定，要求2016年國家農業綜合開發產業化經營項目原則上要需符合《農業綜合開發扶持農業優勢特色產業規劃(2016-2018年)》，主要包括：經濟林及設施農業、畜禽水產養殖等種植養殖基地項目；糧油、果蔬、畜禽等農產品加工項目；農產品儲藏保鮮、產地批發市場等流通設施項目。
農業綜合開發方面：
農業綜合開發產業化經營項目包括財政補助項目和貸款貼息項目。財政補助資金使用范圍依照《國家農業綜合開發資金和項目管理辦法》(財政部令第60號)有關規定執行。鼓勵各地采取先建后補的管理方式。
人才支持政策
從2011年起組織實施現代農業人才支撐計劃，每年培養1500名合作社帶頭人。繼續把農民專業合作社人才培訓納入陽光工程，重點培訓合作社帶頭人、財會人員和基層合作社輔導員。鼓勵大學生村官參與、領辦合作社。
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