食用菌生產一直都是作為農村脫貧致富的有效途徑，也是鄉村振興的重要抓手，以家庭為單位、一家一戶生產，行業相關的法律法規意識淡薄。因為食用菌列入植物新品種保護名錄較晚，盡管2000年就頒布了《種子法》，大多數食用菌從業者對品種權沒有概念。直到2016年一大批食用菌列入植物新品種保護名錄（第十批），喚醒了人們的新品種知識產權保護意識。由于各方面原因導致食用菌種業存在種種問題。
一、發展現狀
首先，菌種企業實力較薄弱。目前食用菌種質資源、科技力量、儀器設備大都集中在體制內，正如前面所述，科研院所是食用菌新品種培育的主體。《種子法》（2013版）指出：公共科研退出商業化育種，回歸其基礎性和公益性，種子公司是“育、繁、推”的主體。我國食用菌種業的現狀與《種子法》的要求甚遠，近期內企業難以成為新品種“育、繁、推”的主體。
其次，國外品種入侵形勢嚴峻。客觀地說，國外品種不論是單產還是品質均超過國內品種，例如，美國Sylvan、Amycel、Lambert等雙孢蘑菇菌種公司的品種適合工廠化栽培，近年來國內雙孢蘑菇工廠化生產企業90%以上使用了美國菌種，2019年Sylvan公司在江蘇淮安投資2億元興建現代化的蘑菇菌種廠，大有壟斷的企圖。金針菇工廠化栽培企業80%使用了日本千曲化成公司的品種，每年菌種使用費約五千萬元。真姬菇、杏鮑菇使用的品種也都是源于日本。據估計，我國每年向國外進口或交付使用費累計一億多元。
第三，品種權保護難度大。食用菌菌種是無性繁殖，只要市場上有鮮菇出售就可以通過組織分離獲得菌種。因此，新品種知識產權保護只有通過法律途徑才能解決。另一方面，品種維權時需要取證、委托檢測、訴訟等過程，費用高、耗時長。食用菌的菌種場、菌包廠規模較小，很大一部分是家庭作坊式的生產，無力賠付侵權費用。品種維權的收效可能很低。
第四，企業面臨品種權掣肘。近年來國內工廠化栽培發展迅速，目前已有十余家是上市公司，企業資產數十億或上百億，大多數企業沒有自主知識產權的品種，他們面臨品種權的嚴重掣肘。上海一真姬菇生產公司于2017年6月22日向北京知識產權法院訴訟天津兩家真姬菇生產企業品種侵權，2020年3月27日，北京知識產權法院判決原告勝訴，兩被告停止使用侵權品種并分別賠償原告100萬元及訴訟所有費用。這一案件是中國食用菌品種維權第一案，也是企業以知識產權為競爭武器的典型案例。
二、發展趨勢
我國在全面完成脫貧攻堅任務后緊接著實施鄉村振興戰略，食用菌在脫貧攻堅中起了重要作用，在實施鄉村振興戰略中仍然可以扮演重要角色。隨著我國城鄉經濟發展，勞動力價格將不斷上漲，大型機械裝備進入食用菌生產勢在必行。機械化、自動化、智能化、工廠化及專業化將改變食用菌的生產與經營方式，自動化或智能化的菌包廠、工廠化周年栽培將迅速發展，新品種的應用不再是面對千家萬戶的農民，而是有一定資產規模的菌種廠、菌包廠和工廠化栽培企業，產業的這種發展趨勢將推動新品種的育種者與使用企業在利益共享上實現有機結合，這將促進我國食用菌新品種選育踏上良性循環的發展道路。
隨著菌種廠、菌包廠和工廠化栽培企業的發展壯大，食用菌新品種選育工作向企業轉移是必然的發展趨勢，科研院所將回歸到基礎性和公益性研究。這一轉移過程需要一定的時間，或許是若干年，甚至十幾二十年，科企結合模式和機制將在實踐中逐漸完善。
在育種目標上，高產、優質仍然是品種的主要技術指標，出菇整齊、產量集中在第一潮或前兩潮的適合工廠化周年栽培的專用品種是一個新的育種目標，這類品種能提高復種指數，在相同固定資產投入的情況下提升產能、創造效益。此外，在菇形、色澤等方面選育有別于常規的品種，可以開發新產品。
三、育種舉措
鑒于目前我國食用菌企業近期難以成為新品種選育的主體，而國外品種入侵形勢嚴峻，繼續依靠財政立項培育新品種只是權宜之計，不符合種業良性循環發展的經濟規律。如果繼續依托項目開展新品種選育，“項目品種”（為項目結題而審定、認定的品種）只能將我國食用菌種業帶入“表面繁榮”的局面。如何穩步把育種任務向企業轉移是當前迫切需要思考的問題，也是落實《種子法》精神（企業是育種的主體、公共科研退出商業化育種，回歸其基礎性和公益性）所需要推出的舉措。為此建議：
首先，扶持企業成立新品種研發中心。通過財政項目引導把體制內的育種資源引入企業，同時也引導企業投入新品種研發。這種方式要求企業的體量足夠強大，每年能實際投入兩百萬元以上。
其次，建立與完善育種協同創新機制。傳統的新品種培育是以科研院所為主體，通過雜交、誘變、篩選，獲得優良品種后完成審（認）定和品種權申請，再通過技術轉讓或合作開發等方式向企業轉移。
第三，支持開展種質資源收集與評價工作。種質資源是育種的基礎，沒有豐富的種質資源、沒有對種質資源進行科學的評價，育種工作是“無米之炊”。種質資源的收集、保藏及評價，是一項基礎性研究，難以獲得短期效益。建議各級政府加強此類項目的立項和資助。
第四，支持開展品種特異性鑒別技術研究。作物可供觀測的性狀很多，食用菌很少，新品種的特異性鑒別非常困難。作物已經在推行《植物品種鑒定MNP標記法》（GB/T 38551 2020）作為品種特異性檢測方法，這種方法具有快速、準確、穩定、可靠、費用低等特點。建議相關部門支持立項開展食用菌品種鑒定的MNP標記技術研究攻關，為食用菌品種的特異性鑒別提供快速、準確的方法。
第五，推進DUS自主測試。食用菌品種權申請，需要委托具有資質的單位做DUS測試，我國目前僅上海農業科學院質量與標準化研究所有資質承擔DUS測試工作，DUS測試成為食用菌品種權申請的瓶頸。建議加快推進自主測試的開放進程，縮短品種權申請和審批時間。
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