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福建農科院與廣東省農業科學院在白肉靈芝全基因組研究上取得新進展

發布時間：2022-10-10

來源：福建農科院

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近日，福建農科院食用菌研究所陳體強研究員團隊與廣東省農業科學院蔬菜研究所何煥清研究員團隊合作完成白肉靈芝Ganoderma leucocontextum strain H4的全基因組測序、組裝與注釋分析。該項目從雙核菌絲體提取總DNA，采用Nanopore三代測序，組裝得到的基因組由66條無gap的Scaffold構成，序列總長54.027Mb；用于組裝糾正的二代測序數據（5,800Mb，Illumina Hiseq）覆蓋率達98.98%，BUSCO評估基因組完整性 BUSCOs (C) 比例達97.62%；該基因組編碼16,257個基因，目前獲得功能注釋的基因總數達14,189（總注釋率87.28%）。

已知白肉靈芝原產于中國西南川藏高原地區的重要靈芝種類，2014年作為靈芝復合種（G. lucidum complex）的一個新成員發表在MYCOSCIENCE上。2017年，廣東農科院蔬菜所開始在西藏林芝地區的白肉靈芝基地進行段木種植與代料袋栽試驗，選育得到H4等栽培菌株。2021年11月，廣東省微生物研究所發表在G3（Gene |Genome |Genetics|）上的白肉靈芝單核化菌株DH-8的單倍體基因組，序列總長為50.05Mb由58條Scaffolds構成，預測到13,390個基因，BUSCOs完整率為96.55%。NCBI數據庫顯示該基因組大小為49.523Mb（GenBank: GCA_020736865.1），相當于本研究完成的白肉靈芝基因組的單倍體長度49.2Mb（Genome Scope評估）。目前，兩院合作研究取得的進展除獲得高質量白肉靈芝基因組外，還將前期完成的紫芝S2基因組的注釋率從78.89%提高到91.41%，為后續開展中國栽培靈芝的比較基因組學分析，及紫芝與白肉靈芝特有基因家族的挖掘與利用奠定基礎。