1.食用菌登記農藥較少
目前在食用菌生產中允許使用的登記農藥僅有17種，且以殺菌劑為主，可供合法使用的藥劑種類較少。當前危害食用菌生產的害蟲主要有菇蚊、菇蠅、菌蟻、線蟲、薊馬、菌蛆、粉螨、根螨等，病害主要分成真菌性（孢霉病、木霉菌、霉菌病等）、細菌性（斑點病、銹斑病、腐爛病等）和病毒性3大類?，F有農藥登記產品以防治木霉菌、褐腐病、菌蛆、菇蚊、菇蠅、螨等為主，其他病蟲害缺乏相應的登記農藥產品。在出現病蟲害問題時，農戶面臨無藥可用的問題，往往根據農資店推薦或生產經驗自行選擇其他藥劑，導致農藥使用范圍擴大，造成食用菌農藥殘留問題較為突出。
2.食用菌生產用藥不規范
食用菌生產中存在盲目用藥、超范圍、超劑量用藥或使用農藥后未按安全間隔期采收的情況，均可能造成農藥殘留超標。此外，菇棚消殺未嚴格使用登記藥劑或使用方法不科學，以及使用了被農藥污染的原輔料，也可能造成食用菌農藥殘留超標。2016-2020年，我國出口歐盟、美國、日本、韓國的食用菌產品中明確因為農藥殘留超標被扣留或召回的達到134批次，涉及農藥35種，其中毒死蜱、胺菊酯、殘殺威、甲氰菊酯等4種農藥超標是多個國家（地區）扣留或召回我國食用菌的主要原因。這說明我國食用菌生產中的農藥使用問題需要引起重視，減少國際貿易“碰壁”。
3.食用菌相關標準不完善
我國有關學者對比分析了我國與國際食品法典委員會、美國、歐盟、日本、韓國等國家（地區）和國際組織的食用菌農藥殘留限量標準，發現我國GB 2763-2021 對食用菌中農藥殘留種類及限量值的要求均達到較高水平。但針對農產品質量和食品安全監管等需求，現行標準尚未能完全覆蓋食用菌的殘留限量標準需求。另外， 我國食用菌農藥殘留標準體系尚未與國際接軌，面對日本、歐盟等國家（地區） 廣泛使用的“肯定列表制度”“一律標準”，食用菌出口貿易會不同程度地受影響。
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