隨著食用菌產業發展，食用菌廢料處理成為重要問題。食用菌廢料又叫菌糠、菌渣、下腳料、廢菌筒，是栽培食用菌后的培養料，含有豐富的蛋白質及其它營養成分，在農業生產上具有較高的利用價值。其主要用途有：
1.重復利用：栽培了草菇、平菇、香菇、木耳、蘑菇等品種的廢料，只要菌絲生長較好，培養料未被雜菌污染，則可將其曬干整碎后添加30%到新原料中栽培雞腿菇，效益可觀。此法既可降低生產成本，也可進一步提高原料利用率。
2.菌糠在制種上的應用：菌糠用于雙孢菇菌種的生產，可提高菌種質量，節約成本。研究表明：菌糠是代替一部分麥粒制作雙孢菇菌種的好原料。
3.家畜家禽飼料：平菇、香菇、金針菇等木腐類真菌，種菇后廢料中含有較豐富的氨基酸，并且Fe、Ca、Zn、Mg等微量元素含量也很豐富，加之菌渣特有的蘑菇香味，使之具有較好的適口性，因此，菌渣可作飼料使用。
4.食用菌廢料作肥料：對發霉的菌渣，不宜作二次栽培料和動物飼料，多用作農家肥料。食用菌廢料中富含有機物和多種礦質元素。其中N、P、K養分含量高于稻草和鮮糞。土壤中施用食用菌廢料后，可形成具有良好通氣蓄水能力的腐殖質。對改良土壤，提高土壤肥力具有重要意義。
此外，食用菌菌絲體在生長過程中，分泌出某種激動素物質和特殊的酶，而這些酶可使復雜的有機物分解成易被植物吸收的營養物質。食用菌廢料深施在果園，可改良土壤，提高水果品質、增產增收。食用菌廢料施在蔬菜上，可使蔬菜的抗旱力明顯增強，植株生長旺盛，外觀品質好。在花卉種植中，把種菇后廢料與肥土混合后堆積自然發酵，用作花卉苗圃、花盆的養花基肥，可改善土壤結構，提高通氣性及持水保水能力，使花草枝繁葉茂。
5.食用菌廢料作燃料：由于香菇栽培大多用木屑做培養料，因此食用菌廢料做燃料以曬干的香菇菌筒的效果最好。
（1）用作滅菌燃料：將出菇后的廢菌筒曬干收藏。菌種生產和熟料栽培時，可用作滅菌燃料。既節約能源，又節省投資，同時也解決了廢料造成的環境污染問題。
（2）生產沼氣：平菇下腳料作沼氣發酵底物，按常規方法將廢料倒人沼氣池，便可產生優質沼氣，既節省原料，又可調節產氣淡旺矛盾，使廢料發揮出余熱。
（3）用作菇棚加溫燃料：在北方，冬季種菇的塑料大棚內，大多數菇農升溫用的燃料是煤或木炭。不僅投資大，成本高，而且污染環境，利用干燥后的菌渣作燃料，不僅節約煤或木炭，而且火焰類似無煙煤，不易產生有害濃煙氣體。
6.蔬菜育苗時代替覆土：在蔬菜育苗時，用熱蒸汽等物理方法處理菌渣后作覆土材料，覆蓋在種子上，可有效降低或消除根腐、猝倒等病害。
7.提取激素和農藥：將平菇下腳料中的激素和抗菌素成分提取出來，可制成增產素和抗菌素。
8.食用菌廢料飼養昆蟲：食用菌廢料集中堆漚，適當增加濕度，可飼養大量的蠐螬等昆蟲，用這些昆蟲作飼料喂鯰魚等魚類及肉雞等，可節約飼料、降低成本；同時，飼養的魚及肉雞等個大體肥，營養價值高。
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